[ nabia ]
[ aramo ]
[ Источник: stringtie ]
Пакет: stringtie (2.1.1+ds-2)
Ссылки для stringtie
Ресурсы Trisquel:
Исходный код stringtie:
Сопровождающий:
Original Maintainers:
- Debian Med Packaging Team (Почтовый архив)
- Steffen Moeller
Внешние ресурсы:
- Сайт [ccb.jhu.edu]
Подобные пакеты:
assemble short RNAseq reads to transcripts
The abundance of transcripts in a human tissue sample can be determined by RNA sequencing. The exact sequence sampled may be random, depending on the technology used. And it may be short, i.e. shorter than the transcript. At some point, many shorter reads need to be assembled to the model the complete transcripts.
StringTie knows how to assemble of RNA-Seq into potential transcripts without the need of a reference genome and provides a quantification also of the splice variants.
Другие пакеты, относящиеся к stringtie
|
|
|
-
- dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]
- GNU C Library: Shared libraries
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.7) [armhf]
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64]
- GCC support library
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armhf]
-
- dep: libhts3 (>= 1.10)
- C library for high-throughput sequencing data formats
-
- dep: libstdc++6 (>= 4.1.1)
- GNU Standard C++ Library v3
-
- dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)
- compression library - runtime
Загрузка stringtie
| Архитектура | Размер пакета | В установленном виде | Файлы |
|---|---|---|---|
| amd64 | 396,2 Кб | 1047 Кб | [список файлов] |
| armhf | 344,8 Кб | 674 Кб | [список файлов] |