Skip to content
Sections
>> Trisquel >> パッケージ >> aramo >> science >> srst2
[  etiona  ] [  nabia  ] [  aramo  ]
[ ソース: srst2  ]

パッケージ: srst2 (0.2.0-9)

srst2 に関するリンク

srst2

Trisquel の資源:

srst2 ソースパッケージをダウンロード:

メンテナ:

Original Maintainers:

外部の資源:

類似のパッケージ:

Short Read Sequence Typing for Bacterial Pathogens

This program is designed to take Illumina sequence data, a MLST database and/or a database of gene sequences (e.g. resistance genes, virulence genes, etc) and report the presence of STs and/or reference genes.

その他の srst2 関連パッケージ

  • 依存
  • 推奨
  • 提案
  • dep: bowtie2
    ultrafast memory-efficient short read aligner
  • dep: cd-hit
    suite of programs designed to quickly group sequences
  • dep: python3
    interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
  • dep: python3-biopython
    Python3 library for bioinformatics
  • dep: python3-scipy
    scientific tools for Python 3
  • dep: samtools
    processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats
  • rec: python3-rpy2
    Python3 interface to the GNU R language and environment (version 2)
    以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: python3-rpy2

srst2 のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード
アーキテクチャ パッケージサイズ インストールサイズ ファイル
amd64 61.2 kB254 kB [ファイル一覧]
arm64 61.2 kB254 kB [ファイル一覧]
ppc64el 61.2 kB254 kB [ファイル一覧]