Skip to content
Sections
>> Trisquel >> Pakiety >> etiona >> science >> tophat
[  etiona  ]
[ Pakiet źródłowy: tophat  ]

Pakiet: tophat (2.1.1+dfsg1-1)

Odnośniki dla tophat

tophat

Zasoby systemu Trisquel:

Pobieranie pakietu źródłowego tophat:

Opiekun:

Original Maintainers:

  • Debian Med Packaging Team (Archiwum e-mail)
  • Carlos Borroto
  • Alexandre Mestiashvili
  • Andreas Tille

Zasoby zewnętrzne:

Podobne pakiety:

fast splice junction mapper for RNA-Seq reads

TopHat aligns RNA-Seq reads to mammalian-sized genomes using the ultra high-throughput short read aligner Bowtie, and then analyzes the mapping results to identify splice junctions between exons. TopHat is a collaborative effort between the University of Maryland Center for Bioinformatics and Computational Biology and the University of California, Berkeley Departments of Mathematics and Molecular and Cell Biology.

Inne pakiety związane z tophat

  • wymaga
  • poleca
  • sugeruje
  • dep: bowtie2
    ultrafast memory-efficient short read aligner
    lub bowtie
    Ultrafast memory-efficient short read aligner
  • dep: libboost-system1.65.1
    Operating system (e.g. diagnostics support) library
  • dep: libboost-thread1.65.1
    portable C++ multi-threading
  • dep: libc6 (>= 2.15)
    GNU C Library: Shared libraries
    również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb
  • dep: libgcc1 (>= 1:3.0)
    GCC support library
  • dep: libstdc++6 (>= 5.2)
    GNU Standard C++ Library v3
  • dep: python
    interactive high-level object-oriented language (default version)
  • dep: samtools (>= 1.5)
    processing sequence alignments in SAM and BAM formats
  • dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)
    compression library - runtime
  • sug: cufflinks
    Pakiet niedostępny

Pobieranie tophat

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura Rozmiar pakietu Rozmiar po instalacji Pliki
amd64 659,8 KiB3807 KiB [lista plików]