Skip to content
Sections
>> Trisquel >> パッケージ >> etiona >> science >> jellyfish
etiona  ] [  nabia  ] [  aramo  ]
[ ソース: jellyfish  ]

パッケージ: jellyfish (2.2.8-3build1)

jellyfish に関するリンク

jellyfish

Trisquel の資源:

jellyfish ソースパッケージをダウンロード:

メンテナ:

Original Maintainers:

外部の資源:

類似のパッケージ:

count k-mers in DNA sequences

JELLYFISH is a tool for fast, memory-efficient counting of k-mers in DNA. A k-mer is a substring of length k, and counting the occurrences of all such substrings is a central step in many analyses of DNA sequence. JELLYFISH can count k-mers using an order of magnitude less memory and an order of magnitude faster than other k-mer counting packages by using an efficient encoding of a hash table and by exploiting the "compare-and-swap" CPU instruction to increase parallelism.

JELLYFISH is a command-line program that reads FASTA and multi-FASTA files containing DNA sequences. It outputs its k-mer counts in an binary format, which can be translated into a human-readable text format using the "jellyfish dump" command.

その他の jellyfish 関連パッケージ

  • 依存
  • 推奨
  • 提案
  • dep: libc6 (>= 2.14)
    GNU C Library: Shared libraries
    以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
  • dep: libgcc1 (>= 1:3.0)
    GCC support library
  • dep: libjellyfish-2.0-2 (= 2.2.8-3build1)
    count k-mers in DNA sequences (dynamic library of jellyfish)
  • dep: libstdc++6 (>= 5.2)
    GNU Standard C++ Library v3

jellyfish のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード
アーキテクチャ パッケージサイズ インストールサイズ ファイル
amd64 349.3 kB606 kB [ファイル一覧]