Skip to content
Sections
>> Trisquel >> Packages >> etiona >> science >> ssw-align
etiona  ] [  nabia  ] [  aramo  ]
[ Source: libssw  ]

Пакунок: ssw-align (1.1-1)

Smith-Waterman aligner based on libssw

This package provides a command-line aligner based on the libssw library, a fast SIMD accelerated implementation of the Smith-Waterman algorithm. The input files can be in FASTA or FASTQ format. Both target and query files can contain multiple sequences. Each sequence in the query file will be aligned with all sequences in the target file. Output is provided in SAM or BLAST-like text format.

Інші пакунки пов'язані з ssw-align

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • dep: libc6 (>= 2.14)
    GNU C Library: Shared libraries
    also a virtual package provided by libc6-udeb
  • dep: libssw0 (= 1.1-1)
    fast SIMD parallelized implementation of the Smith-Waterman algorithm
  • dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)
    compression library - runtime

Завантажити ssw-align

Завантаження для всіх доступних архітектур
Архітектура Розмір пакунка Розмір після встановлення Файли
amd64 11.7 kB37 kB [список файлів]