[ aramo ]
[ Источник: lumpy-sv ]
Пакет: lumpy-sv (0.3.1+dfsg-6)
Ссылки для lumpy-sv
Ресурсы Trisquel:
Исходный код lumpy-sv:
Сопровождающий:
Original Maintainers:
- Debian Med Packaging Team (Почтовый архив)
- Andreas Tille
- Nilesh Patra
Внешние ресурсы:
- Сайт [github.com]
Подобные пакеты:
general probabilistic framework for structural variant discovery
LUMPY, a novel SV discovery framework that naturally integrates multiple SV signals jointly across multiple samples. LUMPY yields improved sensitivity, especially when SV signal is reduced owing to either low coverage data or low intra-sample variant allele frequency.
Другие пакеты, относящиеся к lumpy-sv
|
|
|
-
- dep: bamkit
- tools for common BAM file manipulations
-
- dep: libbamtools2.5.1 (>= 2.5.1+dfsg)
- dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files
-
- dep: libc6 (>= 2.34)
- GNU C Library: Shared libraries
также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [не armhf]
- GCC support library
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armhf]
-
- dep: libgzstream0 (>= 1.5+dfsg)
- provide functionality of zlib C-library in a C++ iostream
-
- dep: libhts3 (>= 1.10)
- C library for high-throughput sequencing data formats
-
- dep: libstdc++6 (>= 11)
- GNU Standard C++ Library v3
-
- dep: python3
- interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
-
- dep: python3-numpy
- Fast array facility to the Python 3 language
-
- dep: python3-pysam
- interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
-
- dep: samblaster
- marks duplicates, extracts discordant/split reads
-
- dep: samtools
- processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats
-
- rec: sambamba
- tools for working with SAM/BAM data
Загрузка lumpy-sv
| Архитектура | Размер пакета | В установленном виде | Файлы |
|---|---|---|---|
| amd64 | 135,6 Кб | 427 Кб | [список файлов] |
| arm64 | 128,3 Кб | 391 Кб | [список файлов] |
| armhf | 186,4 Кб | 445 Кб | [список файлов] |
| ppc64el | 141,4 Кб | 547 Кб | [список файлов] |