Skip to content
Sections
>> Trisquel >> Пакеты >> aramo >> science >> libbio-db-hts-perl
nabia  ] [  aramo  ]
[ Источник: libbio-db-hts-perl  ]

Пакет: libbio-db-hts-perl (3.01-3build2)

Perl interface to the HTS library

HTSlib is an implementation of a unified C library for accessing common file formats, such as SAM (Sequence Alignment/Map), CRAM and VCF (Variant Call Format), used for high-throughput sequencing data, and is the core library used by samtools and bcftools. HTSlib only depends on zlib. It is known to be compatible with gcc, g++ and clang.

HTSlib implements a generalized BAM (binary SAM) index, with file extension 'csi' (coordinate-sorted index). The HTSlib file reader first looks for the new index and then for the old if the new index is absent.

This package provides a Perl interface to the HTS library.

Другие пакеты, относящиеся к libbio-db-hts-perl

  • зависимости
  • рекомендации
  • предложения
  • dep: libbio-perl-perl
    BioPerl core perl modules
  • dep: libc6 (>= 2.34)
    GNU C Library: Shared libraries
    также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb
  • dep: libhts3 (>= 1.10)
    C library for high-throughput sequencing data formats
  • dep: perl
    Larry Wall's Practical Extraction and Report Language
  • dep: perlapi-5.34.0
    виртуальный пакет, предоставляемый perl-base
  • dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)
    compression library - runtime

Загрузка libbio-db-hts-perl

Загрузить для всех доступных архитектур
Архитектура Размер пакета В установленном виде Файлы
amd64 159,4 Кб458 Кб [список файлов]
arm64 157,3 Кб448 Кб [список файлов]
armhf 154,6 Кб396 Кб [список файлов]
ppc64el 158,0 Кб677 Кб [список файлов]