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[ ソース: spoa  ]

パッケージ: spoa (3.0.1-1build1)

SIMD partial order alignment tool

Spoa (SIMD POA) is a c++ implementation of the partial order alignment (POA) algorithm (as described in 10.1093/bioinformatics/18.3.452) which is used to generate consensus sequences (as described in 10.1093/bioinformatics/btg109). It supports three alignment modes: local (Smith-Waterman), global (Needleman-Wunsch) and semi-global alignment (overlap).

その他の spoa 関連パッケージ

  • 依存
  • 推奨
  • 提案
  • dep: libc6 (>= 2.14)
    GNU C Library: Shared libraries
    以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
  • dep: libgcc-s1 (>= 3.0)
    GCC support library
  • dep: libspoa3 (>= 3.0.0)
    SIMD partial order alignment library
  • dep: libstdc++6 (>= 5.2)
    GNU Standard C++ Library v3
  • dep: zlib1g (>= 1:1.2.11)
    compression library - runtime

spoa のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード
アーキテクチャ パッケージサイズ インストールサイズ ファイル
amd64 28.5 kB105 kB [ファイル一覧]