Skip to content
Sections
>> Trisquel >> Pakiety >> nabia >> python >> python3-cyvcf2
nabia  ] [  aramo  ]
[ Pakiet źródłowy: cyvcf2  ]

Pakiet: python3-cyvcf2 (0.11.6-1)

VCF parser based on htslib (Python 3)

This modules allows fast parsing of VCF and BCF including region-queries with Python. This is essential for efficient analyses of nucleotide variation with Python on high-throughput sequencing data.

cyvcf2 is a cython wrapper around htslib. Attributes like variant.gt_ref_depths return a numpy array directly so they are immediately ready for downstream use.

This package installs the library for Python 3.

Inne pakiety związane z python3-cyvcf2

  • wymaga
  • poleca
  • sugeruje
  • dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]
    GNU C Library: Shared libraries
    również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb
    dep: libc6 (>= 2.7) [armhf]
  • dep: libhts3 (>= 1.10)
    C library for high-throughput sequencing data formats
  • dep: python3
    interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
    dep: python3 (<< 3.9)
    dep: python3 (>= 3.8~)
  • dep: python3-click
    Wrapper around optparse for command line utilities - Python 3.x
  • dep: python3-coloredlogs
    colored terminal output for Python 3's logging module
  • dep: python3-numpy (>= 1:1.16.0~rc1)
    Fast array facility to the Python 3 language
  • dep: python3-numpy-abi9
    pakiet wirtualny udostępniany przez python3-numpy

Pobieranie python3-cyvcf2

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur
Architektura Rozmiar pakietu Rozmiar po instalacji Pliki
amd64 829,5 KiB4700 KiB [lista plików]
armhf 797,1 KiB4404 KiB [lista plików]