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パッケージ: bio-eagle (2.4.1-3build1)

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bio-eagle

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類似のパッケージ:

Haplotype phasing within a genotyped cohort or using a phased reference panel

Eagle estimates haplotype phase either within a genotyped cohort or using a phased reference panel. The basic idea of the Eagle1 algorithm is to harness identity-by-descent among distant relatives—which is pervasive at very large sample sizes but rare among smaller numbers of samples—to rapidly call phase using a fast scoring approach. In contrast, the Eagle2 algorithm analyzes a full probabilistic model similar to the diploid Li-Stephens model used by previous HMM-based methods.

Please note: The executable was renamed to bio-eagle because of a name clash. Please read more about this in /usr/share/doc/bio-eagle/README.Debian.

その他の bio-eagle 関連パッケージ

  • 依存
  • 推奨
  • 提案
  • dep: libboost-iostreams1.74.0 (>= 1.74.0)
    Boost.Iostreams Library
  • dep: libboost-program-options1.74.0 (>= 1.74.0)
    program options library for C++
  • dep: libc6 (>= 2.29)
    GNU C Library: Shared libraries
    以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
  • dep: libgcc-s1 (>= 3.0)
    GCC support library
  • dep: libgomp1 (>= 6)
    GCC OpenMP (GOMP) support library
  • dep: libhts3 (>= 1.10)
    C library for high-throughput sequencing data formats
  • dep: libopenblas0
    Optimized BLAS (linear algebra) library (meta)
  • dep: libstdc++6 (>= 5.2)
    GNU Standard C++ Library v3
  • rec: med-config (>= 2.1)
    Debian Med general config package

bio-eagle のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード
アーキテクチャ パッケージサイズ インストールサイズ ファイル
amd64 217.2 kB630 kB [ファイル一覧]