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[ ソース: multiqc  ]

パッケージ: multiqc (1.12+dfsg-1)

output integration for RNA sequencing across tools and samples

The sequencing of DNA or RNA with current high-throughput technologies involves an array of tools and these are applied over a range of samples. It is easy to loose oversight. And gathering the data and forwarding them in a readable manner to the individuals who took the samples is a challenge for a tool in itself. Well. Here it is. MultiQC aggregates the output of multiple tools into a single report.

Reports are generated by scanning given directories for recognised log files. These are parsed and a single HTML report is generated summarising the statistics for all logs found. MultiQC reports can describe multiple analysis steps and large numbers of samples within a single plot, and multiple analysis tools making it ideal for routine fast quality control.

その他の multiqc 関連パッケージ

  • 依存
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  • enh: afterqc
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    BBTools genomic aligner and other tools for short sequences
  • enh: bcftools
    genomic variant calling and manipulation of VCF/BCF files
  • enh: bcl2fastq
    パッケージは利用できません
  • enh: biobambam2
    tools for early stage alignment file processing
  • enh: biobloomtools
    パッケージは利用できません
  • enh: biscuit
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  • enh: bismark
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  • enh: bowtie
    Ultrafast memory-efficient short read aligner
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    ultrafast memory-efficient short read aligner
  • enh: busco
    benchmarking sets of universal single-copy orthologs
  • enh: clipandmerge
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  • enh: clusterflow
    パッケージは利用できません
  • enh: conpair
    パッケージは利用できません
  • enh: cutadapt
    Clean biological sequences from high-throughput sequencing reads
  • enh: damageprofiler
    パッケージは利用できません
  • enh: dedup
    パッケージは利用できません
  • enh: deeptools
    パッケージは利用できません
  • enh: disambiguate
    パッケージは利用できません
  • enh: dragen
    パッケージは利用できません
  • enh: fastp
    Ultra-fast all-in-one FASTQ preprocessor
  • enh: fastq-screen
    パッケージは利用できません
  • enh: fastqc
    quality control for high throughput sequence data
  • enh: featurecounts
    パッケージは利用できません
  • enh: fgbio
    パッケージは利用できません
  • enh: flash
    Fast Length Adjustment of SHort reads
  • enh: flexbar
    flexible barcode and adapter removal for sequencing platforms
  • enh: gatk
    パッケージは利用できません
  • enh: goleft-indexcov
    パッケージは利用できません
  • enh: happy
    Parser generator for Haskell
  • enh: hicexplorer
    パッケージは利用できません
  • enh: hicpro
    パッケージは利用できません
  • enh: hicup
    パッケージは利用できません
  • enh: hisat2
    graph-based alignment of short nucleotide reads to many genomes
  • enh: homer
    パッケージは利用できません
  • enh: htseq
    パッケージは利用できません
  • enh: interop
    パッケージは利用できません
  • enh: ivar
    functions broadly useful for viral amplicon-based sequencing
  • enh: jellyfish
    count k-mers in DNA sequences
  • enh: kaiju
    パッケージは利用できません
  • enh: kallisto
    near-optimal RNA-Seq quantification
  • enh: kat
    パッケージは利用できません
  • enh: kraken
    assigning taxonomic labels to short DNA sequences
  • enh: leehom
    パッケージは利用できません
  • enh: longranger
    パッケージは利用できません
  • enh: macs2
    パッケージは利用できません
  • enh: malt
    sequence alignment and analysis tool to process sequencing data
  • enh: methylqa
    パッケージは利用できません
  • enh: minionqc
    パッケージは利用できません
  • enh: mirtop
    annotate miRNAs with a standard mirna/isomir naming
  • enh: mirtrace
    パッケージは利用できません
  • enh: mosdepth
    パッケージは利用できません
  • enh: mtnucratio
    パッケージは利用できません
  • enh: multivcfanalyzer
    パッケージは利用できません
  • enh: peddy
    パッケージは利用できません
  • enh: phantompeakqualtools
    パッケージは利用できません
  • enh: picard-tools
    Command line tools to manipulate SAM and BAM files
  • enh: preseq
    パッケージは利用できません
  • enh: prokka
    rapid annotation of prokaryotic genomes
  • enh: pycoqc
    computes metrics and generates Interactive QC plots
  • enh: qorts
    パッケージは利用できません
  • enh: qualimap
    パッケージは利用できません
  • enh: quast
    パッケージは利用できません
  • enh: rna-seqc
    パッケージは利用できません
  • enh: rna-star
    ultrafast universal RNA-seq aligner
  • enh: rockhopper
    パッケージは利用できません
  • enh: rsem
    RNA-Seq by Expectation-Maximization
  • enh: rseqc
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  • enh: salmon
    wicked-fast transcript quantification from RNA-seq data
  • enh: samblaster
    marks duplicates, extracts discordant/split reads
  • enh: samtools
    processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats
  • enh: sargasso
    パッケージは利用できません
  • enh: seqyclean
    パッケージは利用できません
  • enh: sexdeterrmine
    パッケージは利用できません
  • enh: sickle
    windowed adaptive trimming tool for FASTQ files using quality
  • enh: skewer
    post-processing of high-throughput DNA sequence reads
  • enh: slamdunk
    パッケージは利用できません
  • enh: snpeff
    genetic variant annotation and effect prediction toolbox - tool
  • enh: snpsplit
    パッケージは利用できません
  • enh: somalier
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  • enh: sortmerna
    tool for filtering, mapping and OTU-picking NGS reads
  • enh: stacks
    pipeline for building loci from short-read DNA sequences
  • enh: supernova
    パッケージは利用できません
  • enh: theta2
    パッケージは利用できません
  • enh: tophat
    パッケージは利用できません
  • enh: trimmomatic
    flexible read trimming tool for Illumina NGS data
  • enh: varscan2
    パッケージは利用できません
  • enh: vcftools
    Collection of tools to work with VCF files
  • enh: verifybamid
    パッケージは利用できません

multiqc のダウンロード

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