Skip to content
Sections
>> Trisquel >> Пакети >> etiona >> science >> tophat
etiona  ]
[ Източник: tophat  ]

Пакет: tophat (2.1.1+dfsg1-1)

Връзки за tophat

tophat

Ресурси за Trisquel:

Изтегляне на пакет-източник tophat.

Отговорник:

Original Maintainers:

Външни препратки:

Подобни пакети:

fast splice junction mapper for RNA-Seq reads

TopHat aligns RNA-Seq reads to mammalian-sized genomes using the ultra high-throughput short read aligner Bowtie, and then analyzes the mapping results to identify splice junctions between exons. TopHat is a collaborative effort between the University of Maryland Center for Bioinformatics and Computational Biology and the University of California, Berkeley Departments of Mathematics and Molecular and Cell Biology.

Други пакети, свързани с tophat

  • зависимости
  • препоръчани
  • предложени
  • dep: bowtie2
    ultrafast memory-efficient short read aligner
    или bowtie
    Ultrafast memory-efficient short read aligner
  • dep: libboost-system1.65.1
    Operating system (e.g. diagnostics support) library
  • dep: libboost-thread1.65.1
    portable C++ multi-threading
  • dep: libc6 (>= 2.15)
    GNU C Library: Shared libraries
    също и виртуален пакет, предлаган от libc6-udeb
  • dep: libgcc1 (>= 1:3.0)
    GCC support library
  • dep: libstdc++6 (>= 5.2)
    GNU Standard C++ Library v3
  • dep: python
    interactive high-level object-oriented language (default version)
  • dep: samtools (>= 1.5)
    processing sequence alignments in SAM and BAM formats
  • dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)
    compression library - runtime
  • sug: cufflinks
    Пакетът не е наличен

Изтегляне на tophat

Изтегляне за всички налични архитектури
Архитектура Големина на пакета Големина след инсталиране Файлове
amd64 659,8 кБ3807 кБ [списък на файловете]