Skip to content
Sections
>> Trisquel >> Пакети >> aramo >> science >> barrnap
[  etiona  ] [  nabia  ] [  aramo  ]
[ Източник: barrnap  ]

Пакет: barrnap (0.9+dfsg-2)

Връзки за barrnap

barrnap

Ресурси за Trisquel:

Изтегляне на пакет-източник barrnap.

Отговорник:

Original Maintainers:

Външни препратки:

Подобни пакети:

rapid ribosomal RNA prediction

Barrnap (BAsic Rapid Ribosomal RNA Predictor) predicts the location of ribosomal RNA genes in genomes. It supports bacteria (5S,23S,16S), archaea (5S,5.8S,23S,16S), mitochondria (12S,16S) and eukaryotes (5S,5.8S,28S,18S).

It takes FASTA DNA sequence as input, and writes GFF3 as output. It uses the NHMMER tool that comes with HMMER 3.1 for HMM searching in RNA:DNA style. Multithreading is supported and one can expect roughly linear speed-ups with more CPUs.

Други пакети, свързани с barrnap

  • зависимости
  • препоръчани
  • предложени
  • dep: bedtools
    suite of utilities for comparing genomic features
  • dep: hmmer (>= 3.1)
    profile hidden Markov models for protein sequence analysis
  • dep: perl
    Larry Wall's Practical Extraction and Report Language

Изтегляне на barrnap

Изтегляне за всички налични архитектури
Архитектура Големина на пакета Големина след инсталиране Файлове
all 199,4 кБ1440 кБ [списък на файловете]